La Iglesia doblegó a ambos científicos a través del Tribunal de la Inquisición por defender la teoría heliocentrista del Sistema Solar que asegura que la Tierra y los planetas giran alrededor del Sol.
Nicolás Copérnico fue el primero en atreverse a desafiar la idea imperaba en el siglo XVI.del cosmos que Le siguió cien años más tarde, Galileo. Después de un largo y penoso juicio, el 22 de junio de 1633, se postraba de rodillas ante los jueces del Santo Oficio. Con la cabeza inclinada recitó la fórmula de rigor y negó la teoría heliocéntrica del Sistema Solar enunciada por Nicolás Copérnico. A sus 69 años, Galileo era un reconocido científico en la Europa de su tiempo, famoso por la claridad de sus escritos y por ridiculizar eficazmente a sus contrarios. La Iglesia, a través del Tribunal de la Inquisición, lo había doblegado. A pesar de ello, la leyenda cuenta que musitó: «Eppur si muove» («y sin embargo se mueve», refiriéndose a la Tierra).
La ignominia había fraguado. La Iglesia hizo ostentación de su poderío, se metió en un terreno que no era el suyo y humilló a un sabio anciano. Más de 300 años después, reconoció públicamente su error y trató de limpiar de culpa la figura de Galileo, un poco tarde, pero no tanto, si las autoridades de la Iglesia aprendiesen la lección y reconociesen que los mundos de la ciencia y de la religión son distintos. La ciencia camina hacia la verdad a través de la experiencia bien hecha y contrastada y se rige por leyes. La Iglesia alumbra sus caminos con la fe y se rige por dogmas. Nunca más debería de producirse una condena tan injusta como la de Galileo o la de Nicolás Copérnico.
La teoría geocéntrica considera que la Tierra es el centro del Universo y el Sol y los planetas giran a su alrededor. Es intuitiva (nada pone de manifiesto que la Tierra se mueva) y acorde con las Escrituras. El tratamiento matemático de Ptolomeo, explicando el movimiento de los planetas, la había consolidado. El monje polaco Nicolás Copérnico, casi un siglo antes de la vejación de Galileo, supuso que el Sol era el centro del Universo (teoría heliocéntrica) y que la Tierra y los demás planetas giran a su alrededor. Galileo se hizo copernicano mediante confirmaciones experimentales, especialmente las derivadas de la observación del firmamento con el telescopio que él mismo construyó. Los descubrimientos astronómicos recogidos en su libro Siderius nuntius (El mensajero de las estrellas, de 1610): cráteres de la Luna, la Vía Láctea como un conglomerado de estrellas, los cuatro satélites de Júpiter (Io, Europa, Ganimedes y Calisto) fueron determinantes para que Galileo abrazara la teoría heliocéntrica de Nicolás Copérnico. Más tarde descubriría que Venus tiene fases como la Luna, lo cual refuerza la idea de que los planetas (incluida la Tierra) giran alrededor del Sol.
Galileo propuso al papa Urbano VIII escribir un estudio sobre las ideas de Nicolás Copérnico y el Papa lo aprobó, siempre y cuando no se demostrara demasiado entusiasmado con la idea. La obra (Dialogo sopra i due massimi sistemi del mondo, tolemaico e copernicano) se publicó en 1632 (un año antes del juicio) en forma de diálogo entre tres personajes. Salviati, que representa las opiniones de Galileo y defiende la teoría de Copérnico; Segredo, que hace las preguntas y se deja convencer por Salviati, y Simplicio, que defiende la teoría geocéntrica. Al papa se le hizo ver que Galileo no había seguido sus instrucciones, ya que defiende la teoría heliocéntrica y además dejaba al papa como un estúpido al representarlo en Simplicio. Urbano VIII aprobó entonces la acción del Santo Oficio, que acabó condenando a Galileo, quien se vio obligado a vivir en las afueras de Florencia y apartado de toda polémica.
