La protección contra las inundaciones incluye, tanto los medios estructurales, como los no estructurales, que dan protección o reducen los riesgos de inundación.
Las medidas estructurales incluyen las represas y reservorios, modificaciones a los canales de los ríos, diques y riberos, depresiones para desbordamiento, cauces de alivio y obras de drenaje.
UN equipo de expertos del Instituto de Investigación y Formación Agraria y Pesquera de Andalucía (Ifapa) ha elaborado una serie de recomendaciones para cítricos con problemas por inundación con el fin de recomendar prácticas agrícolas y minimizar los mismos. La guía indica una serie de actuaciones de tipo preventivo y otras para cuando ya se ha producido el daño en este tipo de cultivo debido al encharcamiento, que se suele producir por lluvias intensas en suelos muy arcillosos y con una baja conductividad de agua.
Entre otras actuaciones, destacan que es primordial labrar el terreno para romper la costra superficial que se ha formado en los suelos compactados y permitir la aireación de las raíces, así como riegos moderados para mantener la humedad de suelo y evitar a su vez nuevos encharcamientos. Otro efecto del exceso de lluvia es la lixiviación de nitratos, dando lugar a fuertes clorosis en hojas (amarilleamiento de hojas) así como deficiencias de hierro y otros microelementos, por lo que recomiendan aplicaciones foliares (aportación de nutrientes). También es habitual que los árboles afectados emitan gran cantidad de chupones en la zona interior, los cuales se deben eliminar, permitiendo la brotación en zonas más externas
